Rechten, wie Fortbestand der alten Zunftordnungen und jahrzehntelangen Steuerbefreiungen schien dem Wiederaufbau der Stadt nichts mehr im Wege zu stehen.

Aufgrund ständiger Geldnöte und des hohen Zerstörungsgrads der Stadt nahm Johann Wilhelm, der von 1698 bis 1700 in Weinheim logierte, endgültig davon Abstand, seine Residenz von Düsseldorf nach Heidelberg zu verlegen. Wenn schon nicht der Kurfürst, so konnte 1703 immerhin der Stadtrat ins neu errichtete Ratshaus einziehen. Dank einer Schenkung der ersten Gattin Johann Wilhelms sowie der Überlassung eines größeren Baugrundstücks durch den Kurfürsten konnten die Jesuiten mit der Planung einer Kirche, eines Gymnasiums und eines Kollegs beginnen, deren Fertigstellung allerdings erst nach dem Tod Johann Wilhelms erfolgen sollte.

Es war ein bewusster Zug der kurfürstlichen Politik, den staatlichen Einfluss auf die kurpfälzischen Städte mittels neuer Kommunalordnungen auszubauen, wobei auch hierbei der konfessionelle Impetus durchschien. So wurden im zwölf Mitglieder umfassenden Heidelberger Stadtrat seit 1700 die Hälfte der Sitze für Katholiken reserviert, während je ein Viertel den Lutheranern bzw. Reformierten zugestanden wurde. Dabei hatte der Kurfürst das Recht, jederzeit einen Stadtrat zu entlassen.

Ein hohes Maß an Mitspracherecht behielt sich Johann Wilhelm auch bezüglich der Universität vor. Professuren wurden einzig von ihm besetzt, was beispielsweise seinem Vertrauten und Leibarzt Brunner den Lehrstuhl für Medizin einbrachte. Mit der Gewährung der Abgabenfreiheit erfolgte seit 1703/4 die Wiederaufnahme des Lehrbetriebs der Universität, deren erster Rektor der katholische Jurist Johannes Philipp Morass wurde. Trotz allmählicher Konsolidierung in wirtschaftlicher Hinsicht konnte erst 1712 mit dem Bau eines neuen Gebäudes, der heutigen alten Universität, begonnen werden, der sich allerdings noch bis 1735 hin zog. Dem Kurfürst Johann Wilhelm wurde dabei mit der Namensgebung Domus Wilhelmiana gehuldigt.

Im Spanischen Erbfolgekrieg wurde die gebeutelte Kurpfalz seit 1701 erneut zum Spielball im europäischen Tauziehen der Macht. Johann Wilhelm trat auf Seiten des Kaisers in den Krieg, der das Vorrücken der Franzosen verhindern wollte. Diese Parteinahme brachte dem Pfalz-