Erst der Friede von Rijswijk beendete 1697 den Pfälzisch-Orléanschen Erbfolgekrieg unter anderem mit der Rückgabe der von Frankreich besetzten Gebiete an die Kurpfalz. Die im Vertrag vereinbarte Klausel, derzufolge die katholische Religion auch in den Gebieten beibehalten werden sollte, wo sie von den Franzosen gewaltsam eingeführt worden war, empörte vor allem die protestantische Öffentlichkeit. Was dieser als erpresserische Forderung der Franzosen vermittelt wurde, war jedoch in Wirklichkeit das Ergebnis eines ränkereichen Zusammenspiels, an dem auch Johann Wilhelm beteiligt war, der somit die Rekatholisierungspolitik der Pfalz-Neuburger in der Kurpfalz intensivierte.
Auf dieser Grundlage wurde 1698 in der Kurpfalz das sogenannte Simultaneum erlassen, wodurch die von Johann Wilhelm unterstützten Katholiken Zugriff auf die überwiegend protestantischen Kirchen im Land erhielten. Häufig wurden infolgedessen die Kirchen räumlich
Überhaupt zeigte sich Johann Wilhelm um die Rückkehr der vielerorts geflohenen Bevölkerung in den kurpfälzischen Städten und Dörfern bemüht. Darüber hinaus festigte Johann Wilhelm die Stellung der Katholiken durch verstärkte Förderung katholischer Zuwanderer. Den alten Heidelberger Familien wurde zudem mit steuerlichen Zugeständnissen die Rückkehr in die Stadt schmackhaft gemacht. Mit den 1698 erlassenen Stadtprivilegien und den darin vorgesehenen