Da Karls II. Ehe mit der dänischen Königstochter Wilhelmine Ernestine kinderlos blieb und mit ihm die mittlere Kurlinie des pfälzischen Wittelsbacher aussterben würde, musste die Pfalz an die katholische Nebenlinie Pfalz-Neuburg fallen. Karl II. versuchte im sogenannten Hallischen Rezess eine Erbvereinbarung mit Philipp Wilhelm erreichen, die er jedoch nicht mehr ratifizieren konnte.
Dennoch hielt sich der neue Kurfürst Philipp Wilhelm (1615–1690) weitgehend an diese Vereinbarung. Zwar rief er 1686 die Jesuiten in die Pfalz, doch übte er aus reichspolitischen Gründen konfessionelle Toleranz, die allerdings bei den pfälzischen Calvinisten wegen der rechtlichen Gleichstellung der Katholiken auf heftige Ablehnung stieß.
Unter dem Vorwand, die Erbansprüche seiner Schwägerin Elisabeth Charlotte (»Liselotte«) auf die Pfalz zu sichern, begann Ludwig XIV. 1688 den sogenannten Pfälzischen Erbfolgekrieg, in dessen Verlauf große Teile der linksrheinischen Pfalz besetzt und zerstört wurden. Mit der Besetzung erfolgte gleichzeitig eine Rekatholisierung der Bevölkerung.
Der Pfälzische Erbfolgekrieg wurde mit dem Frieden von Rijswijk 1697 beendet. Artikel 4 des Friedensinstrumentes sah vor, dass die während des Krieges rekatholisierten Teile der pfälzischen Bevölkerung katholisch bleiben sollten. Johann Wilhelm ging 1698 noch einen Schritt weiter und verordnete das so genannte Simultaneum,