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Sie fand 1543 öffentlichen Ausdruck in zwei Schriften zur Reform des akademischen Unterrichts, Aristotelicae animadversiones und Dialecticae partitiones sive institutiones. Darin setzte er an die Stelle der aristotelischen Kategorienlehre und Syllogistik, eine an Platons Ideenlehre und Ciceros rhetorischer Topik orientierte »natürliche Dialektik«, die nicht nur einen methodisch adäquateren Zugang zur Erfahrungswelt ermöglichen sollte, sondern auch den zweckorientierten argumentativen Umgang mit der gewonnenen Erkenntnis. Der enorme Einfluss des Aristotelismus zu dieser Zeit lässt sich daran ermessen, dass beide Bücher bereits nach kurzer Zeit aus dem Handel gezogen wurden, während Ramus selbst die Erlaubnis zum Unterricht der Dialektik verlor.

Nach dem französischen Thronwechsel 1547 durfte er die philosophische Lehrtätigkeit wieder aufnehmen und wurde 1551 zum Mitglied des Collège Royal, des späteren Collège de France berufen. Ramus nutzte seine Stellung

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